壳寡糖是由自然存在的甲壳素经化学脱盐脱蛋白，生物酶降解等工艺加工而来的，因此，甲壳素的来源就是壳寡糖的来源。
甲壳素广泛存在于低等植物菌类、藻类细胞，虾、蟹、昆虫的外壳和软骨，高等植物的细胞壁中也有甲壳素。早在1811年，法国学者布拉诺首先在蘑菇中发现了甲壳素。1991年美欧医学科技界营养食品研究机构宣布甲壳素类物质为继脂肪、蛋白质、糖、矿物质、维生素等生命要素之外的第六生命要素，充分说明了甲壳素在生命生长和健康营养中的举足轻重的地位。
虽然甲壳素的存在广泛，但是壳寡糖的获得并不是一件容易的事，日本、韩国以及欧美许多国家，把对甲壳素的研究定为国家的重大项目。甲壳素不溶于水、碱、一般的酸和有机溶剂，只溶于部分浓酸，依靠人体胃肠道中胃酸、溶菌酶等的作用少部分分解，因此其吸收率较低。经过多年的研究发现，甲壳素的脱乙酰低聚物即壳寡糖对生物体具有更有效的生理活性。
甲壳素的脱乙酰低聚化过程大致是：首先化学处理，脱掉甲壳素中的乙酰基，使其变成了壳聚糖。壳聚糖相对于甲壳素而言利用的空间广泛很多，因为壳聚糖可以溶于稀酸，醋酸、盐酸等，但是壳聚糖分子量大，几十万到几百万，仍然不溶于水，人体只能吸收1%-5%。其次，壳聚糖通过生物酶降解的方法降解为小分子，分子量小于3000D，就是壳寡糖。壳寡糖虽然失去了壳聚糖的成膜性、高粘度等高聚物的性质，但是它可以直接溶于水，可直接或间接地被生物吸收利用，其生理活性得到最大开发。壳寡糖作为肥料可以促进植物营养生长；作为生物农药可以抑制或杀死病原微生物；作为食品原料可以预防肥胖、降三压、抗氧化；作为保健品可以保护神经预防老年痴呆、抗衰老等等。
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